山系西北高,东南低,绝大部分海拔3500～5000米,最高峰为疏勒南山5827米的.山系南北两翼极不对称,北坡相对高度达3000米,南麓相对高度仅500～1000米.

　　祁连山的地理意义：1、内蒙古高原和青藏高原的分界线；2、第一、二阶梯的分界线；3、200mm的年等降水量线；4、内外流区的分界线；5、干旱区和半干旱区的分界线；6、草原景观和荒漠景观的分界线；7、青藏地区和西北干旱半干旱区的分界线