1.两个句子语法都正确,意思稍有不同.前一个句子,表面上的意思是“你为什么要做你现在正在做的这件事情”,但是在实际情况中,可以灵活地翻译为“你这是在干嘛!”“你这是何必呢?”等等.比如说,某人在教室的桌子上乱涂乱画,旁边的人看到了,便愤怒地质问TA：“Whyareyoudoingit?”虽然问的是“why”,但实际上问的人并不关心为什么,只是对这个人的行为很愤怒,相当于中文的“你这是在干嘛!”,同理,这个句子在其他的情境下有其他的意思.后一个句子,跟前一个句子不同的地方在于,它关注一个人经常性的行为,而不是现在正在进行的行为,比如说,某个人每天都在给图书馆做义务清洁,一段时间以后,TA的好朋友终于忍不住问TA：“Whydoyoudoit?”意思就是“你为什么这么做?”.

　　2.都是正确的.whyyouusedit/whyyouuseit不是完整的句子,只是短语；whydoyouuseit?是完整的句子.如果要提问,就用后面这个句子.whyyouusedit/whyyouuseit可以用在句子中作为一个部分,比如：“Idon'tknowwhyyouusedit.”意为“我不知道你为何使用它.”

　　3.be后面可以加[1]名词、[2]代词、[3]数词、[4]形容词.分别举例如下：[1]Itisabook.[2]It'sme.[3]Theansweris5.[4]Thatisbig.对句子用一般疑问句进行提问和进行否定变化的时候要用到助动词do,例如句子：Youlikeapples.一般疑问句：Doyoulikeapples?否定句：Youdonotlikeapples.*另外一种特殊的情形是,表示强调做某个动作时,在动词前面加do.例如：Idolikeit.意为“我确实喜欢它”.

　　Idon'tknowwhyyouusedit是正确的；Idon'tknowwhydidyouuseit?这一句是错误的。这是一个用连接副词why引导的名词性从句，后者把两个句子（否定陈述句+特殊疑问句）杂糅在一起了。名词性从句不能作为独立的句子存在，如前一句中的“whyyouusedit”。名词性从句有自己的主语（you）和动词（used）。