A、在研究生物进化的过程中，化石是最重要的、比较全面的证据；此外还有比较解剖学上的证据、胚胎学上的证据，A错误；

　　B、化石是保存在地层中的古代生物的遗体、遗物或生活痕迹．研究发现，不同的地层中埋藏着不同类型的生物化石：越是古老的地层中发掘的生物化石结构越简单、低等，水生生物的化石越多；越是晚期的地层中发掘的生物化石结构越复杂、高等，陆生生物化石越多．这说明生物进化的趋势是：从简单到复杂，由低等到高等，从水生到陆生．所以化石记录显示，在越晚形成的地层里形成化石的生物越复杂、高等，陆生的越多，但是也有简单的、低等的、水生生物，B错误．

　　C、始祖鸟既具有鸟类的特点前肢特化为翼，有具有爬行动物的特点，翼的末端有爪，因此始祖鸟化石说明了鸟类是由古代的爬行动物进化来的等，C正确；

　　D、化石在地层中出现的先后顺序，说明了生物是由简单到复杂、由低等到高等、由水生到陆生逐渐进化而来的，不是遵循从无到有，从小到大的规律，D错误；

　　故选：C．