（1）该项科研成果在环境保护上的重要作用是减少了农药对环境的污染，保护了生态环境．

　　（2）此种“转基因抗虫棉”在独立种植若干代以后，由于基因突变，也将出现不抗虫的植株．

　　（3）题中“毒蛋白基因转入棉花植株内并实现成功表达”中的“成功表达”说明毒蛋白基因在棉花细胞内经转录和翻译合成了毒蛋白．

　　（4）与杂交育种、诱变育种相比，通过基因工程培育新品种的主要优点是目的性强，育种周期短，克服了远缘杂交不亲和的障碍．

　　（5）在培育“转基因抗虫棉”的基因操作中，所用的基因“剪刀”是限制酶，基因“缝合针线”是DNA连接酶，基因“运载工具”是质粒、噬菌体的衍生物、动植物病毒等；

　　（6）转基因技术有利有弊，用于疾病的诊断和治疗则有利，而培育优良动、植物新品种可能引起环境问题、食物安全性问题、生物安全性问题等则不利．

　　故答案为：

　　（1）减少了农药对环境的污染，保护了生态环境

　　（2）基因突变

　　（3）毒蛋白基因在棉花细胞内经转录和翻译合成了毒蛋白

　　（4）目的性强，育种周期短，克服了远源杂交不亲和的障碍，能定向改变生物的遗传性状

　　（5）限制酶    DNA连接酶   质粒、噬菌体的衍生物、动植物病毒等

　　（6）有利方面：用于疾病的诊断和治疗；用于培育优良动、植物新品种，不利于环境保护．

　　有害方面：可能引起环境问题、食物安全性问题、生物安全性问题等．