（1）细胞色素C是一种由104个氨基酸构成的蛋白质．通过上表数据的比较可知：人类与黑猩猩细胞色素C的氨基酸差异数最小是0，因此二者的亲缘关系最近，人类与金枪鱼的亲缘关系最远，细胞色素C的差异最大是21．

　　（2）表中的数据是生物进化的证据，细胞色素C的差别越小，其亲缘关系越近；差别越大，则生物间的亲缘关系越远．根据氨基酸个数与人类的区别可知，上表中几种动物在进化历程中的地位由低级到高级的顺序：金枪鱼、响尾蛇、鸡、狗、猕猴、黑猩猩．

　　（3）生物细胞色素C的氨基酸组成的比较，是在分子水平上进行分析比较，揭示生物进化的现象和本质，选项D正确．

　　（4）比较法是通过观察，分析，找出研究对象的相同点和不同点，它是认识事物的一种基本方法，是研究动物行为的主要方法．动植物体都有细胞色素C的事实说明动植物具有一定的亲缘关系，亲缘关系越近的生物，细胞色素C的差异越小；亲缘关系越远的生物，细胞色素C的差异则越大．

　　故答案为：（1）黑猩猩；金枪鱼

　　（2）金枪鱼、响尾蛇、鸡、狗、猕猴、黑猩猩

　　（3）D

　　（4）小．