A、在研究生物进化的过程中，化石是最重要的、比较全面的证据，A符合题意；

　　B、始祖鸟既具有鸟类的特点前肢特化为翼，有具有爬行动物的特点，翼的末端有爪，因此始祖鸟化石说明了鸟类是由古代的爬行动物进化来，B不符合题意；

　　C、不同生物化石的出现和地层的形成，有着平行的关系，也就是说，在越古老的地层中，挖掘出的化石所代表的生物，结构越简单，分类地位越低等，水生生物的化石也越多，在距今越近的地层中，挖掘出的化石所代表的生物，结构越复杂，分类地位越高等，陆生生物的化石也越多．因此越简单、越低等的化石总是出现在越古老的地层里而不是越新近的地层里，C不符合题意；

　　D、化石在地层中出现的先后顺序，说明了生物是由简单到复杂、由低等到高等、由水生到陆生逐渐进化而来的，不是遵循从无到有，从小到大的规律，D不符合题意．

　　故选：A．