A、将生态系统中的害虫彻底清除，会影响生物多样性，A错误；

　　B、动物有促进生态系统物质循环的作用，但是在短时间内生产者和分解者可以将有机环境和无机环境连接起来，错误；

　　C、生态系统的自动调节能力是有限度的，C错误；

　　D、自然界中的动物和植物在长期生存与发展的过程中，形成相互适应、相互依存的关系．动物能够帮助植物传粉，使这些植物顺利地繁殖后代，如蜜蜂采蜜．D正确．

　　故选：D