A、该细菌S蛋白结构发生改变，链霉素不能抑制该细菌的增殖，即对该细菌无抗菌作用，A错误；

　　B、链霉素与细菌S蛋白基因发生相应的突变无关，只是对突变菌株起到了选择作用，B错误；

　　C、链霉素能与S蛋白结合，主要是因为S蛋白具有特定的空间结构．如果改变了S蛋白上的氨基酸，如果那个氨基酸恰好是一个连接二硫键的氨基酸，就会导致蛋白质空间结构发生大的改变，这样就结合不了了，C正确；

　　D、基因缺失一个或两个碱基，若是有效基因缺失，整个基因转录过程错乱，进而产生的蛋白质不可能只有一个氨基酸改变，或者不进行基因的表达，产生不了对应的蛋白质；若是无效基因改变，则不会改变基因的表达过程，蛋白质不会改变．综合以上两种情况，即使基因缺失一或两个碱基，蛋白质不会只有一个氨基酸的种类发生改变，D错误．

　　故选：C．