A、郡县制的实行，强化了中央对地方的管控，实现了对地方政权的有效控制，没有出现主观动机与客观效果背离现象，故排除；

　　B、“郡国并行”制度的实施，本意是为强化中央对地方的管控，但郡国的势力不断扩大，严重损害了中央的权力，属于主观动机与客观效果背离现象，故正确；

　　C、行省制度的实施有效实现了中央对地方的有效管控，故排除；

　　D、清朝军机处的设立有效强化了皇权，故排除；

　　故选B．