中国地质大学实地考证，这是世界上唯一两岸不同地质年代的地缝。右岸为1.8-2.3亿年前形成的三迭纪地层，左岸是2.5-2.8亿年前形成的二迭纪地层。原因是：在早期地壳变动中由于断裂作用，使三迭纪地层与二迭纪地层呈断层接触，后经过山地抬升和水流沿断裂薄弱带长期下切、侵蚀，而形成深谷地缝。

　　云龙地缝曾是云龙河的伏流段，以暗河形式沉睡地下二、三千万年，后因水流在地下强烈掏蚀，在地表不断剥蚀、致使暗河顶部坍塌，地缝才得于面世，成为恩施大峡谷一大奇观。

　　恩施市地处鄂西南山区中部，属云贵高原东延部分，地近四川盆地边缘，处于我国地势的第二梯级末端。武陵山脉余支从东南部蜿蜒入境，西有大娄山山脉向北延伸，北有巫山余脉环绕。西北及南部两翼高，近似山原地貌，平均海拔800余米；西南及东北大部分地区海拔900米左右，有较大的山间坝槽座落其间；中部地区丘陵起伏，由于地层下陷，形成陷落盆地，比较开阔，平均海拔500米左右。

　　区域上主要地层为震旦纪（Z）——三叠纪（T）地层，反映出古地质时期沉积的陆棚陆表海、包括宽广的滨岸或碳酸盐台地和浅海陆棚海组成的古地理环境。广泛的碳酸岩沉积为后来的岩溶作用和岩溶景观的形成奠定了基础。在恩施市的西北部有巫山山脉环绕边境；东南部有武陵山脉余支沿东北方向展布全境；中部为局部断陷盆地，总的地势是西北、西南两翼高，中部低。山岭多西南——东北走向，河流与山脉走向大体一致。境内崇山峻岭，山峦逶迤，河谷多成深峡，多急流瀑布；喀斯特地形发育，山体多见为馒头状的溶丘，其总体岩溶环境为丘丛和峰丛洼地地貌类型。清江两岸70%的地段为喀斯特地貌。