①原子呈电中性，质子数一定等于核外电子数，故正确；

　　②某粒子的结构示意图为，该粒子不一定是氖原子，也有可能是钠原子失去最外层电子后形成的钠离子，或氟原子得到一个电子后形成的氟离子，故错误；

　　③分子是保持物质化学性质的最小粒子，不能保持物质的物理性质，故错误；

　　④自制简易净水器中的活性炭能吸附、过滤水中的杂质，故正确；

　　⑤分子是保持物质化学性质的最小粒子，过氧化氢和水的分子构成不同，所以它们的化学性质不同，某些物理性质可能相同，故错误；

　　⑥化学变化中分子可以再分而原子不可分，故正确；

　　⑦一种元素在一种化合物中不一定只有一种化合价，如硝酸铵中，氮元素显-3价和+5价，故错误；

　　⑧一种元素可以组成纯净物，也可以组成混合物，如氧气与臭氧的混合物中只含一种元素，所以只由一种元素组成的物质不一定是单质，故错误．

　　由以上分析可知，①④⑥是正确的．

　　故选D．