从以上你提供的线索来看应该是模板溶解的问题,一般下游进行PCR扩增所用的DNA我们都是使用灭菌的双蒸水溶解的,因为毕竟TE中的含有一些化学物质有可能对扩增体系有影响的,而灭菌双蒸水对扩增肯定是没有影响的.至于DNA讲解的问题,反复冻融对DNA的损害是最大的,保存在灭菌双蒸水中的DNA如果一直放在－20度的话保存半年是没有问题的,在密集扩增期间可以放在4度保存,也可以对DNA进行分装保存,每次拿出小体积的1支使用,可以避免反复冻融带来的损坏.想要保存再长时间可以使用1倍的TE溶解,高浓度的没有必要.

　　干粉引物在常温下是可以长期保存的,相应的－20和4度也是可以长期保存的,但是温度不稳定似乎对引物是有一定影响的,我也遇到过引物失效的问题,如果有怀疑直接重新合成就好了,毕竟时间成本最重要啊.

　　从SSR的扩增来讲,可以影响的因素太多,建议你从别人那里借个好使的DNA,使用自己的体系扩增,如果扩出来了,就能够确定是模板问题了,如果扩不出来,就有可能是你的体系中别的东西出了问题,做些调整总能克服的,找些参考文献看看参照一下别人的体系也可以哦～