（1）根据元素周期表中的信息，可知镁元素的原子序数为12；

　　根据氯为非金属元素，最外层电子数一般多于4，易得到电子，形成阴离子；当核电荷数=质子数＜核外电子数，为阴离子；由微粒示意图判断氯离子的结构示意图是E；

　　故答案为：12；E；

　　（2）根据不同种元素最本质的区别是质子数不同；所以镁元素与氯元素的最本质的区别是质子数不同；

　　故答案为：质子数不同；

　　（3）根据化合物化学式的书写步骤，镁元素的化合价为+2，氯元素的化合价为-1，组成的化合物的化学式为MgCl2；

　　故答案为：MgCl2．