（1）物质的结构决定物质的性质，金刚石、石墨、C60物理性质不同的原因是：碳原子的排列方式不同．

　　（2）水和过氧化氢的分子构成不同，所以化学性质不同．

　　（3）原子的核内质子数决定元素的种类，碳元素与氮元素属于不同种元素是因为二者原子内部的质子数不同，

　　（4）碳-12原子和碳-13原子原子核内质子数相同，中子数不同，所以碳-12原子和碳-13原子是同种元素不同种原子，原因是原子核内中子数不同；

　　（5）因为决定元素种类的是质子数，Na和Na+属于钠元素，质子数都是11；又因为决定元素化学性质的是最外层电子数，而Na和Na+的化学性质不同，说明它们的最外层电子数不同．

　　故答案为：

　　（1）碳原子的排列方式；

　　（2）分子构成；

　　（3）原子内部的质子数；

　　（4）原子核内中子数；

　　（5）最外层电子数．