A．含有阴离子或者阳离子的化合物一定是离子化合物，离子化合物中一定同时含有阳离子和阴离子，含阳离子的物质不一定是离子化合物，可能是金属单质，故A错误；

　　B．离子晶体中存在离子键，但是不存在分子间作用力，故B错误；

　　C．离子一定带电，质子数一定不等于电子数；分子呈电中性，质子数一定等于电子数，所以质子数和电子数均相同的两种微粒不可能是一种分子和一种离子，故C正确；

　　D．原子达到稳定结构是指原子最外层电子数为饱和状态，最外层均达到2个或8个电子稳定结构，原子价格稳定性与分子结构稳定性无关，故D错误；

　　故选：C．