A、用Ca（OH）2改良酸性土壤，是利用了酸碱能发生中和反应，需要发生化学变化才能表现出来，是利用了其化学性质，故选项错误．

　　B、氢气用作清洁燃料，是利用了氢气的可燃性，需要通过化学变化才表现出来，是利用了其化学性质，故选项错误．

　　C、二氧化碳用作气体肥料，是利用了二氧化碳参与植物的光合作用，需要通过化学变化才表现出来，是利用了其化学性质，故选项错误．

　　D、铅笔芯是石墨和粘土的混合物，用铅笔芯替代石墨试验导电性，是利用了石墨的导电性，不需要发生化学变化就能表现出来，是利用了其物理性质，故选项正确．

　　故选D．