A、硝酸铵（NH4NO3）中铵根显+1价，氢元素显+1价，设铵根中氮元素的化合价是x，由原子团中元素的化合价代数和等于原子团的化合价，可得：x+（+1）×4=+1，则x=-3价．硝酸根显-1价，氧元素显-2价，设硝酸根中氮元素的化合价是y，由原子团中元素的化合价代数和等于原子团的化合价，可得：y+（-2）×3=-1，则y=+5价；故选项说法错误．

　　B、在原子里质子数不一定等于中子数，故选项说法错误．

　　C、单质中元素的化合价为0，氢气属于单质，氢元素的化合价为0价，故选项说法错误．

　　D、在化学变化中，分子可分，而原子不能再分，它是化学变化中的最小粒子，故选项说法正确．

　　故选：D．