A、只含有一种元素的物质不一定是纯净物，例如红磷和白磷组成的混合物、金刚石和石墨组成的混合物中，都只含有一种元素，该选项说法不正确；

　　B、只含有一种元素的物质不一定是混合物，例如氧气属于纯净物，只含有一种元素--氧元素，该选项说法不正确；

　　C、只含有一种元素的物质不一定是单质，例如由A中的分析可知，只含有一种元素的物质也可能是混合物，该选项说法不正确；

　　D、因为化合物中至少含有两种元素，所以只含有一种元素的物质一定不是化合物，该选项说法正确．

　　故选：D．