（1）由分析可知，甲中的B是氨基酸．

　　（2）蛋白质是由DNA（基因）控制合成的，因此蛋白质多样性的根本原因是DNA分子（基因）的多样性．

　　（3）由分析可知，该三十九肽形成四条短肽需要水解7个肽键；水解得到4个氨基酸和四条短肽，有机物中的氨基和羧基至少是8个、8个，三十九肽中的氨基和羧基至少是1个、1个，因此水解后得到的有机物中，氨基和羧基分别增加7个、7个；与原来的三十九肽相比，水解得到的有机物的C原子数量没有变化；由于7个肽键水解需要消耗7分子水，因此有机物中的O增加7个；四条短肽至少含有4个氨基和4个羧基，因此三十九肽水解后得到的四条多肽链中，氨基和羧基分别增加3个、3个；四条短肽与三十九肽相比少4个丙氨酸，丙氨酸的R基有1个C，因此碳原子减少3×4=12个；三十九肽中的O原子数是39×2-38=40，四条短肽中的O原子是35×2-（35-4）=39，因此O原子减少1个；肽链中含有肽键，能与双缩脲试剂反应呈现紫色．

　　故答案为：

　　（1）氨基酸　

　　（2）DNA分子（基因）的多样性

　　（3）7　  7、7    0   7     3、3　  12　   1     双缩脲试剂