A、样方法是调查植物或者活动范围小的动物物种多样性常用的方法，取样原则是随机取样，结果处理上需取其平均值，A正确；

　　B、样方面积确定时对密度大的植物取样面积要小，密度小的植物样方面积要大，统计时对于样方边界上的生物个体统计的原则是算左不算右、算上不算下，B正确；

　　C、标记重捕法中，标记物的脱落或者被抓过的动物以后不容易再次被捕获会导致第二次重捕数中的标记数偏小，根据计算公式，这样可能使统计结果偏大，C正确；

　　D、用于判断群落物种多样性（α-多样性）的辛普森指数（Simpson指数）D=1-∑（Ni/N）^2，式中Ni为i物种个体数，N为总个体数，可以看到，群落中种数越多，各种个体分配越均匀，指数越高，指示群落多样性好，因此与每个物种的个体数有关，D错误．

　　故选：D．