真核生物rRNA的成熟过程现在已经搞得比较清楚了.哺乳动物的初级转录本是一条45SRNA链.含有18S,5.8S和28SrRNAs.它含有约110个甲基,这是在转录过程中或刚刚转录好时加工上去的.几乎所有甲基均连接在核糖残基上,在被加工成熟的rRNAs中,这些甲基全部被保存.在成熟的18SrRNA上有约39个原来的甲基,只有4个是后来在细胞浆中加上去的.而在28SrRNA中有约74个甲基,全部是原来的.有人认为甲基的存在是初级转录本转变成熟的rRNA的标志.

　　成熟的途径可能不止一条,因为中间产物的长度在不同途径中是不一样的,然而最终产物都是一样的,其中两条途径(HeLa途径和L途径)切割的位置是[1]18S基因的5'则,[2]18S和5.8S基因之间的间隔区(soqacer),和[3]5.8和28S序列之间的间隔区(5.8S序列成为一个和28SrRNA通过碱基配对相结合的小RNA).

　　细菌的rRNAs也是通过切割其共同前体形成的.E.coli的七个编码rRNA的操纵子称为rrnA-G.它们在染色体上并不相连锁.每个操纵子均转录为一个RNA前体,然后被切割为成熟的rRNA分子.这些rrn操纵子的组成基本相同,均含有顺序为16S-23S-5S的三个rRNA分子.

　　两个主要的rRNA(16S和23S)之外,还有一个5SRNA存在于同一转录本中.所有rrn操纵子均有双重启动子结构.第一个启动子(P1)位于16SrRNA序列起始位点的上游约300bp处.P1可能是主要的启动子.在P1的右方约110bp处是第二个启动子.在16S和23SrRNA之间的序列是一个400-500bp的转录间隔区,在此区内有编码tRNA的序列.在4个rrn操纵子中,此转录间隔只含一个tRNA序列,即tRNAGIU.而在另外三个rrn操纵子中,此间隔区含有两个tRNA序列,即tRNAIie和tRNAASP.不同rrn操纵子中之间的另一个差别是,有的操纵子的前体RNA的末端序列编码5SRNA,而另一些操纵子则还要编码rRNA.例如在rrnC的3'端是两基因:tRNATrp和tRNA1ASP.所以rrnC操纵子对E.coli是非常重要的,因为这是唯一的tRNATrp基因,能使细菌能应用色氨酸合成蛋白质.

　　加工rRNA的酶是RNA酶Ⅲ.在rne-细胞中缺乏成熟的rRNAs,而代之以含有16S,23S和5S序列的一个30S前体.这种前体在体外能被RNA酶Ⅲ所切割而形成成熟的rRNA分子.16S和23SrRNAs的前体分别称为p16和p23,它们分别比16S和23S略长一些.在初级转录本中,由于p16p23的两端的碱基都是互补的,它们分别形成很大的发夹.其特征是发夹顶的环非常大,分别为1600个核苷酸和2900个核苷酸.