1、土壤物理指标：土壤物理状况对植物生长和环境质量有直接或间接的影响.土壤物理指标包括土壤质地及粒径分布、土层厚度与根系深度、土壤容重和紧实度、孔隙度及孔隙分布、土壤结构、土壤含水量、田间持水量、土壤持水特性、渗透率和导水率、土壤排水性、土壤通气、土壤温度、障碍层次深度、土壤侵蚀状况、氧扩散率、土壤耕性等.

　　2、土壤化学指标：土壤中各种养分和土壤污染物质等的存在形态和浓度,直接影响植物生长和动物及人类健康.土壤质量的化学指标包括土壤有机碳和全氮、矿化氮、磷和钾的全量和有效量、CEC、土壤pH、电导率（全盐量）、盐基饱和度、碱化度、各种污染物存在形态和浓度等.

　　3、土壤生物学指标：土壤生物是土壤中具有生命力的主要部分,是各种生物体的总称,包括土壤微生物、土壤动物和植物,是评价土壤质量和健康状况的重要指标之一.土壤中许多生物可以改善土壤质量状况,也有一些生物如线虫、病原菌等会降低土壤质量.目前应用较多的指标是土壤微生物指标,而中型和大型土壤动物指标正在研究阶段.土壤质量的生物指标包括微生物生物量碳和氮,潜在可矿化氮、总生物量、土壤呼吸量、微生物种类与数量、生物量碳/有机总碳、呼吸量/生物量、酶活性、微生物群落指纹、根系分泌物、作物残茬、根结线虫等.