微生物种类繁多,至少有十万种以上.按其结构、化学组成及生活习性等差异可分成三大类.

　　一、真核细胞型微生物细胞核的分化程度较高,有核膜、核仁和染色体；胞质内有完整的细胞器（如内质网、核糖体及线粒体等）.真菌属于此类型微生物.

　　二、原核细胞型微生物细胞核分化程度低,仅有原始核质,没有核膜与核仁；细胞器不很完善.这类微生物种类众多,有细菌、螺旋体、支原体、立克次体、衣原体和放线菌.

　　三、非细胞型微生物没有典型的细胞结构,亦无产生能量的酶系统,只能在活细胞内生长繁殖.病毒属于此类型微生物