（1）甲细胞中有核酸的细胞器有：4线粒体、7核糖体、9叶绿体，而乙细胞中含有核酸的细胞器包括4线粒体、7核糖体．

　　（2）甲细胞中具有双层膜结构的细胞器是④线粒体和⑨叶绿体，可能具有色素的细胞器是⑧液泡（花青素）和⑨（叶绿素）．

　　（3）乙细胞中的⑧是中心体，中心体与动物细胞的有丝分裂过程有关．

　　（4）若甲细胞为大蒜根细胞，则应该没有⑨叶绿体．

　　（5）细胞中控制物质进出细胞的结构是①细胞膜，细胞中细胞代谢的控制中心是③细胞核．

　　（6）Ca2+的吸收属于主动运输，主动运输需要消耗能量和载体的协助．由于用某种药物处理乙细胞，发现其对Ca2+的吸收速率大大降低，而对其他物质的吸收速率没有影响，说明这种药物不影响能量的供应，可能是抑制（或破坏）了细胞膜上Ca2+载体蛋白的功能．

　　故答案为：

　　（1）④⑦

　　（2）④⑨⑧⑨

　　（3）中心体 有丝分裂　

　　（4）⑨

　　（5）①③

　　（6）抑制（或破坏）了细胞膜上Ca2+载体蛋白的功能