A、参与豆腐发酵的微生物有青霉、酵母、曲霉、毛霉等多种，其中起主要作用的是毛霉，A正确；

　　B、腐乳装瓶通过腌制并配入各种辅料（红曲、面曲、酒酿），使蛋白酶作用缓慢，促进各种微生物的其他生化反应，生成腐乳的香气，B正确；

　　C、毛霉、酵母菌等多种微生物分泌的蛋白酶能将蛋白质分解成小分子的肽和氨基酸，脂肪酶可将脂肪分解成甘油和脂肪酸，C正确；

　　D、腐乳发酵过程中，有很多微生物的参与，如青霉、酵母、曲霉、毛霉和根霉等，他们之间是竞争的关系，D错误．

　　故选：D．