A、每个物种都是一个独特的基因库．生物种类的多样性是由基因的多样性决定的，所以其实质就是基因多样性．符合题意．

　　B、建立自然保护区，将生物连同其生活的环境一起加以保护，这样不但是为了保护珍稀动植物，也包括各种典型的生态系统．是保护生物多样性最有效的措施．符合题意．

　　C、基因的多样性导致了生物种类的多样性，生物种类的多样性组成了不同的生态系统，因此当基因的多样性发生变化时，必然会影响到生态系统的多样性．不符合题意．

　　D、威胁生物生存的原因有栖息地被破坏、偷猎、外来物种入侵、环境污染、其他原因等．其中最主要的原因就是栖息地等生态环境的破坏以及偷猎．保护生物的栖息环境，保护生态系统是保护生物多样的根本措施．符合题意．

　　故选：ABD