A、同卵双胞胎是由同一个受精卵在子宫内还没着床前，就分裂成两个细胞了，并分别着床发育成人的，他们的基因是基本相同的，但并不一定都相同．A错误．

　　B、不同物种（兔和小麦）之间基因组成差别很大，同种生物如兔之间（有白的、黑的、灰的等）基因也有差别，因此所有菊花的基因不一定相同，B错误．

　　C、同种生物如兔之间（有白的、黑的、灰的等）基因也有差别，C正确．

　　D、同种生物之间的基因也有差别，因此小明家喂养的金鱼，它们的基因有差别，D错误．

　　故选：C