A、DNA分子的脱氧核苷酸的排列顺序决定了信使RNA中核糖核苷酸的排列顺序，信使RNA中核糖核苷酸的排列顺序又决定了氨基酸的排列顺序，氨基酸的排列顺序最终决定了蛋白质的结构和功能的特异性，从而使生物体表现出各种遗传特性，所以蛋白质可以作为鉴别真核生物的不同个体是否为同一物种的辅助手段，A正确；

　　B、不同的生物具有不的遗传物质DNA，DNA的上的基因又通过转录将遗传信息转移到mRNA（信使RNA）上，所以不同的生物RNA不同，可以作为鉴别真核生物的不同个体是否为同一物种的辅助手段，B正确；

　　C、DNA是一切具有细胞结构的生物体的遗传物质，不同的个体DNA具备不同的脱氧核苷酸排列顺序，所以不同的生物DNA是不同的，DNA可以作为鉴别真核生物的不同个体是否为同一物种的辅助手段，C正确；

　　D、核苷酸是核糖核酸（RNA）及脱氧核糖核酸（DNA）的基本组成单位，是体内合成核酸的基本单位．在真核生物中，核苷酸都是类似的，有4种脱氧核苷酸和4种核糖核苷酸，没有物种上的差异，所以核苷酸不能用于鉴别是否为同一种类，D错误．

　　故选：D．