A、人工鱼塘生态系统可以人工投喂饲料，则流经生态系统中的总能量为生产者所固定的太阳能和饲料中含的化学能，则消费者同化的能量往往大于生产者所固定的太阳能，A正确；

　　B、种群的基因频率发生变化的因素有基因突变、个体迁移、自然选择等，则在环境条件保持稳定的前提下，种群的基因频率也会发生变化，B正确；

　　C、生物多样性包括基因多样性、物种多样性和生态系统多样性，所以生物多样性的形成过程不仅仅是新物种的形成过程，C错误；

　　D、生物通过呼吸作用把生物体内的能量利用后还原到环境中的是植物、动物和细菌真菌，终以热能的形式散失到环境中，D正确．

　　故选：C．