A、尿嘧啶核糖核苷酸是RNA合成的原料，RNA的合成是DNA的转录过程，基因表达形成蛋白质包含转录和翻译过程，洋葱根尖细胞蛋白质的合成不仅仅发生在分生区细胞中，所以让洋葱根尖吸收含3H标记的尿嘧啶核糖核苷酸，放射性不仅仅分布在分生区细胞中，A错误；

　　B、CO2是植物光合作用的原料，给小麦供应14CO2，通过光合作用形成含有14C葡萄糖，含有14C葡萄糖经过糖酵解形成含有14C的丙酮酸，进入线粒体中进行有氧呼吸的第二、第三阶段，因此14C会出现在线粒体中，B错误；

　　C、氧气参与有氧呼吸的第三阶段生成水，给豚鼠供应18O2，首先生成含有18O的水，含有18O的水可以参与有氧呼吸的第二阶段，与丙酮酸反应生成含有18O的二氧化碳，因此呼出气体中可能含有C18O2，C错误；

　　D、根据氨基酸的结构简式是C2H4O2NR，氨基酸的元素组成是C、H、O、N，若存在其他元素，则在R基中，因此，若用35S标记噬菌体的蛋白质时，标记元素在氨基酸的R基中，D正确．

　　故选：D．