摩尔根的研究结果主要不是为了解释孟德尔定律,主要是伴性遗传.摩尔根在一群红眼果蝇中发现了一个雄性的白眼果蝇突变体,用这个白雄和一般的雌红进行杂交,发现子一代都是红眼的,F1代自交,发现F2代红眼和白眼比例是1;3,这是符合孟德尔分离定律的.但是他又发现,F2中白眼果蝇全部是雄性的.于是他假设控制果蝇眼色的基因在X染色体上,红色为显性（）,白色为隐性（-）,正常红眼雌果蝇为XX,突变的白眼雄果蝇为X-Y,它们杂交F1代果蝇基因型为雌XX-（红雌）,雄XY（红雄）,自交F2代基因型为XX（红雌）：XX-（红雌）：,X-Y（白雄）：XY（红雌）=1:1:1:1,所以后代红色：白色为3:1,且白色全部是雄性.