A、果酒、果醋和腐乳制作时都可以通过人工接种菌种提高产品质量，A正确；

　　B、参与果酒制作的微生物是酵母菌，参与腐乳制作的微生物主要是毛霉，它们属于真核生物，而参与果醋制作的微生物是醋酸菌，其属于原核生物，真核生物和原核生物的细胞结构存在较大差异，B错误；

　　C、果酒和果醋制作所需培养基为液体培养基，而腐乳制作的培养基为固体培养基，C错误；

　　D、果酒、果醋和腐乳制作过程中都需要人为控制发酵温度，依次是18～25℃、30～35℃、15～18℃，D错误．

　　故选：A．