（1）比较法是通过观察，分析，找出研究对象的相同点和不同点，它是认识事物的一种基本方法，是研究动物行为的主要方法．亲缘关系越近，生物之间的相似性越大，细胞色素C的氨基酸组成差异越小．

　　（2）大多数生物都具有由104个氨基酸组成的细胞色素C，这说明这些生物之间都具有一定的亲缘关系，细胞色素C的氨基酸组成差异越小，表明它们的亲缘关系越近．

　　（3）通过上表数据的比较可知：人类与黑猩猩细胞色素C的氨基酸差异数最小是0，因此二者的亲缘关系最近；人类与酵母菌的细胞色素C的氨基酸差异数最大是44，因此亲人类与酵母菌的缘关系最远．

　　（4）如图进化树

　　植物的进化历程：原始藻类植物→（原始苔藓植物和原始蕨类植物）→原始的种子植物（包括原始裸子植物和原始被子植物），而被子植物与裸子植物相比出现了花与果实，使其繁殖能力更强、后代的成活率更高，适应能力更强，也就更高级．动物进化的历程是：原始的单细胞动物→无脊椎动物→脊椎动物．而脊椎动物进化的大致历程是：原始鱼类→原始两栖类→原始爬行类→原始鸟类和哺乳类．胎生、哺乳是哺乳动物主要的生殖发育特点，大大提高了后代的成活率，哺乳类是目前动物界最高等的类群．因此，地球上现存的动、植物中，最高等的动物和植物分别是哺乳动物和被子植物．

　　纵观生物进化的历史，其总体趋势为：由简单到复杂，由低等到高等，由水生到陆生．

　　故答案为：（1）比较法；

　　（2）亲缘；

　　（3）黑猩猩；细胞色素C的氨基酸差异数最小为0；酵母菌；细胞色素C的氨基酸差异数最大44；

　　（4）哺乳；被子；由简单到复杂，由低等到高等，由水生到陆生；