A、栖息地的破坏和丧失是物种多样性丧失的主要原因，A错误；

　　B、基因的多样性导致了生物种类的多样性，生物种类的多样性组成了不同的生态系统，B正确；

　　C、建立自然保护区是指把包含保护对象在内的一定面积的陆地或水体划分出来，进行保护和管理．又叫就地保护．就地保护能保护生物及生物所生活的栖息环境，是保护生物多样性的根本途径，是最有效的措施．C正确；

　　D、生物多样性通常有三个主要的内涵，即生物种类的多样性、基因（遗传）的多样性和生态系统的多样性．D正确．

　　故选：A