A、人们常吃的西瓜是果实，从结构层次上看是器官，A错误；

　　B、番茄的果皮是保护组织，具有保护作用，B错误；

　　C、动物体的结构层次由小到大依次是细胞→组织→器官→系统→动物体，植物体的结构层次．即细胞→组织→器官→植物体，由此可见：植物没有系统．所以多细胞生物体具有细胞、组织、器官、系统四个层次是错误的，C错误；

　　D、绿色开花植物是由根、茎、叶、花、果实、种子六大器官组成的，其中根、茎、叶属于营养器官，花、果实、种子属于生殖器官，D正确．

　　故选：D．