据分析可知，种子具备了萌发的条件后，开始萌发，首先吸水膨胀，种皮变软，呼吸作用逐渐增强，将储存在子叶或是胚乳中的营养物质逐步分解，转化为可以被细胞吸收利用的物质，输送到胚的胚轴、胚根和胚芽．在种子萌发初期，胚根生长最快，首先突破种皮向地生长，并发育成根．随后胚轴伸长，胚轴发育成连接根和茎的部分，胚芽突破种皮背地生长，发育成茎和叶．通过这个过程，种子的胚就发育成了幼苗．因此，胚轴将来发育成连接根和茎的部分．

　　故选：D．