（1）一个肽链中至少有一个游离的氨基和一个游离的羧基，在肽链内部的R基中可能也有氨基和羧基，一个蛋白质含有1条肽链，则在它的分子结构转至少有1个游离的氨基和1个游离的羧基．

　　（2）一个肽链中至少有一个游离的氨基和一个游离的羧基，n条肽链至少有n个游离的氨基和n个游离的羧基．

　　（3）1000个氨基酸含有1020个氨基，1050个羧基，因此氨基酸的R基中含有20个氨基和50个羧基，由这些氨基酸合成的含有2条肽链的蛋白质中，游离的氨基═肽链数+R基中含有的氨基═2+20═22，游离的羧基数=肽链数+R基中含有的羧基数═2+50═52，失去水分子数═肽键数═氨基酸总数-肽链数═1000-2=998．

　　故答案为：

　　（1）11

　　（2）nn

　　（3）99899822 52