A、图示细胞为次级精母细胞，细胞中由于着丝点已分裂，染色体加倍，所以含有两个染色体组，A正确；

　　B、一个精原细胞正常情况下只能产生2种4个精子细胞．但由于细胞在间期发生了基因突变，所以该精原细胞产生的精子细胞基因型有ABe、aBe、AbE3种；B错误；

　　C、由于该哺乳动物的基因型为AABbEe，所以图示细胞中，a基因只来自于基因突变，C错误；

　　D、三对基因只位于两对同源染色体上，所以三对基因中AAEe和BbEe的遗传遵循自由组合定律，而AABb的遗传遵循连锁与互换定律，D错误．

　　故选：A．