A、线粒体中进行有氧呼吸的第二和第三阶段，第二阶段消耗水，第三阶段产生水，A正确；

　　B、植物细胞的叶绿体中含有叶绿素和类胡萝卜素，液泡可能也含有色素，B正确；

　　C、线粒体、叶绿体含有DNA和RNA，可以进行DNA分子的复制和转录，核糖体是翻译的场所，翻译过程遵循碱基互补配对原则．细胞核内含有DNA，能进行DNA分子的复制和转录，C错误；

　　D、线粒体有氧呼吸第二阶段能产生[H]，第二、第三阶段产生ATP，叶绿体光反应阶段产生ATP和[H]，D正确．

　　故选：C．