杂草种群存在着变异，变异是不定向的，可能会产生对除草剂的抗性基因，通过自然选择的作用使抗性基因的基因频率升高．

　　A、种群的基因突变是低频的，自然状态下，种群的基因突变不会加快，A错误；

　　B、由于除草剂对抗性基因进行了选择作用，使杂草抗性基因的基因频率升高，解毒能力增强，B正确；

　　C、一个种群是同一物种，不会出现生殖隔离，生殖隔离一旦出现，就形成了两个物种，C错误；

　　D、基因突变是不定向的，D错误．

　　故选：B．