A、在生态系统中动物、植物的遗体、遗物被大量的细菌、真菌分解成二氧化碳、水和无机盐等无机物，归还土壤，供绿色植物重新吸收和利用，进而制造有机物，可见细菌、真菌是生态系统中的分解者，促进了生态系统中的物质循环．A正确．

　　B、微生物的发酵在食品、药品的制造中有重要的作用，如酵母菌发酵能酿酒，青霉发酵能提取青霉素．甲烷菌发酵能产生甲烷，还能净化污水，保护环境．另外还可以用进行以菌治虫，用来生物防治等．B正确．

　　C、微生物有的是有害的，使人等生物患病；有的是有益的，如酵母菌发酵能酿酒．C错误．

　　D、微生物的发酵技术在食品的制作中具有重要意义，如制馒头或面包和酿酒要用到酵母菌，D正确．

　　故答案为：C