A、S型肺炎双球菌的DNA能够使R型肺炎双球菌转化为S型肺炎双球菌，其实质是基因重组，A错误；

　　B、高茎豌豆后代出现高茎和矮茎发生了性状分离，其性状只受一对等位基因控制，不发生基因重组，B错误；

　　C、非同源染色体之间发生的片段交换属于染色体结构变异，而同源染色体之间发生的片段交换属于基因重组，C错误；

　　D、由于密码子的简并性，有可能翻译出相同的氨基酸，所以基因碱基序列改变不一定导致性状改变，D正确．

　　故选：D．