A、外来物种入侵，改变了生物生存的环境，环境改变可以改变生物进化的速度和方向，A正确；

　　B、自然选择使具有有利变异的个体有更多的生存和繁殖后代的机会，具有不利变异的个体则被淘汰，因此有利变异的基因的基因频率逐渐增大，不利变异的基因的基因频率逐渐降低，所以一般来说，频率高的基因所控制的性状更适应环境，B正确；

　　C、生物进化的实质是种群基因频率的改变，C错误；

　　D、生物进化的实质是基因频率的改变，因此生物进化时基因频率总是变化的，D正确．

　　故选：C．