A、水中生活的动物有很多种，有些水生动物并不用鳃呼吸，像原生动物、腔肠动物都没有专门的呼吸器官，靠细胞膜与外界进行气体交换；一些哺乳动物和爬行动物虽然生活在水中，但它们用肺呼吸，A错误．

　　B、生活在水中的动物不一定都用鳍来游泳，如草履虫依靠纤毛的摆动在水中旋转前进，B错误；

　　C、大多数鱼类的体表覆盖着鳞片，也有一些鱼的体表没有鳞片，像泥鳅、鲨鱼等，称为无鳞鱼，C错误；

　　D、鱼在水中停止游动时，口和鳃盖不停地交替张开和关闭，使水由口流入，由鳃孔流出，这是鱼在进行呼吸，D正确．

　　故选：D