微体古生物学家通过对从钻孔中取得的岩心进行冲洗、将微小的化石分离出来,然后在显微镜下进行研究.（对这些细小的古生物遗体的研究所获得的资料对于判断地下岩层的年代和储油的可能性非常有价值）.

　　美国石炭纪煤系的黄铁矿中,发现了带鞘的球衣细菌和带扭丝的嘉氏铁杆菌化石.苏联寒武纪磷灰岩中,发现了球状和杆状铁细菌化石;泥盆纪铝土矿中,也发现了有丝状群体的铁细菌化石.加拿大东南部安大略,在距今20亿年前的贡福林燧石中,发现伞细菌,星细菌和类似现代的多孢铁细菌及球衣细菌等化石.星细菌也出现于澳大利亚西部的达克克里克白云岩中.在非洲东南部的无花果树群的燧石中,发现杆状的原始细菌,说明早在31～32亿年前已有细菌存在.