A、在研究生物进化的过程中，化石是最重要的、比较全面的证据，化石在地层中出现的先后顺序，说明了生物是由简单到复杂、由低等到高等、由水生到陆生逐渐进化而来的，A正确．

　　B、米勒实验模拟了原始大气的成分，在火花放电的情况下最终产生了多种氨基酸等有机小分子物质，B错误．

　　C、达尔文认为，生物界普遍存在变异，生物的变异是不定向的，随机的，而自然选择是定向的，C正确．

　　D、变异是生物进化的前提之一，变异为生物进化提供了原材料，没有变异就不存在生物的多样性，也就没有选择的对象，就没有生物的进化，D正确．

　　故选：B