A、构建基因组文库时，首先需用限制酶切割DNA和质粒，然后用DNA连接酶将两者连接起来形成重组质粒，最后将不同的DNA片段分别导入不同的受体菌群，形成基因组文库；而构建cDNA文库时，以mRNA为模板逆转录形成DNA的过程，该过程需要逆转录酶的参与，一般不需要限制酶，A正确；

　　B、基因组文库包含某种生物所有的基因，而cDNA文库是由mRNA经逆转录形成的基因组成的，由于基因的选择性表达，cDNA文库只包含某种生物部分基因，所以基因组文库大于cDNA文库，cDNA文库不含启动子和内含子，只有部分基因可以交流，B错误；

　　C、由于A、C过程都是筛选获得含有同种目的基因的菌株，所以可以使用同一种DNA探针进行筛选，C错误；

　　D、虽然目的基因Ⅰ和目的基因Ⅱ相同，由于两种提取目的基因的方法不同，所以核苷酸序列不完全相同，D错误．

　　故选：A．