（1）题图中的几种细胞器中，只有E核糖体不具有膜结构；题图中的几种细胞器均含蛋白质（所有细胞器均含有蛋白质），含有核酸的是A线粒体（含有DNA和RNA）、C叶绿体（含有DNA和RNA）、E核糖体（含有RNA）．

　　（2）洋葱根尖细胞不含叶绿体，含有A线粒体、B高尔基体、D内质网和E核糖体；胃蛋白酶的化学本质是蛋白质，其合成场所是E核糖体；与能量转化有关的细胞器是A线粒体（能将有机物中的化学能转化为热能和ATP中的化学能量）、叶绿体（能将光能转化为化学能）；B高尔基体与植物细胞壁的形成有关．

　　（3）分离各种细胞器常用差速离心法；可根据渗透原理，加入清水可破坏细胞膜．

　　故答案为：

　　（1）E        ACE

　　（2）ABDE   E   AC    B

　　（3）差速离心   加清水