（1）1985年前，某地农村农作物秸秆都是当作燃料而农户和家畜的粪便等均作为肥料直接施入农田，造成了能源和物质资源的浪费、引起环境污染、农业成本高等不利的影响．

　　（2）生态工程建设目的：遵循自然界物质循环的规律，充分发挥资源的生产潜力，防止环境污染，达到经济效益和生态效益的同步发展．该生态工程的建设遵循了物质循环再生原理（如秸秆被重复利用，沼渣和沼液作肥料）、整体性原理（考虑自然、经济、社会的整体影响）、物种多样性原理（物种数量增多：家畜、食用菌等）、系统的结构决定功能原理（改善和优化系统结构改善功能）等基本原理．生态工程与传统工程相比较，具有少消耗、多效益、可持续等特点．

　　（3）当地人希望进一步提高该系统的经济效益和生态效益．专家经过考察后，建议他们增加一个奶牛养殖项目，就需要更多的奶牛的食物，所以村民需要调整种植的农作物种类和数量（或原养殖家畜的数量）．

　　（4）基因工程中抗虫、抗病转基因植物的种植减少了农药的使用；细胞工程中组织培养技术的应用，可对城市环境进行综合治理；胚胎工程中胚胎移植可以用于保护濒危野生动物，保护生物多样性等等是现代生物技术应用于生态建设的典型事例．

　　故答案为：

　　（1）能源和物质资源的浪费、引起环境污染、农业成本高等

　　（2）物质循环再生原理、整体性原理、物种多样性原理、系统的结构决定功能原理    少消耗、多效益、可持续

　　（3）种植的农作物种类和数量（或原养殖家畜的数量） 

　　（4）基因工程中抗虫、抗病转基因植物的种植减少了农药的使用；细胞工程中组织培养技术的应用，可对城市环境进行综合治理；胚胎工程中胚胎移植可以用于保护濒危野生动物，保护生物多样性