在长期的进化过程中原核生物形成了一套完善的防御机制,以保持自身遗传的相对稳定性.当外源DNA侵入后,限制酶就将其切割掉,使外源DNA不能发挥遗传效应,而且限制酶往往与一种甲基化酶同时成对存在,它们具有相同的底物专一性,具有识别相同碱基序列能力.甲基化酶的甲基供体为S-腺苷甲硫氨酸,甲基受体为DNA上的腺嘌呤与胞嘧啶.当限制酶作用位点上的某一些碱基被甲基化修饰后,限制酶就不能再降解这种DNA了.这样在含有某种限制酶的原核生物的细胞中,其DNA分子中不具备这种限制酶的识别切割序列,或者通过甲基化酶将甲基转移到所识别序列的碱基上,使限制酶不能将其切开.所以限制酶只降解外源入侵的异种DNA

　　,而不分解自身DNA